Derrière l'orgue de chœur s'ouvre l'escalier menant à la crypte de Saint-Godard. C'est une crypte de style gothique flamboyant, voûtée sur croisée d'ogives, avec un pilier central ; ses escaliers datent de 1537.
Elle entretient le lien entre l'église visible et une mémoire plus ancienne, attachée aux saints évêques de Rouen : saint Godard, ou Gildard, évêque du VIe siècle présent au concile d'Orléans de 511 et inhumé ici selon la tradition, et saint Romain. Elle donne une profondeur spirituelle et historique que l'on ne perçoit pas depuis la nef.
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