Le grand orgue de Saint-Godard domine la tribune. Un orgue est attesté à Saint-Godard dès 1531, avec des compositions connues en 1632 puis 1778. Le grand tournant arrive au XIXe siècle : Aristide Cavaillé-Coll construit le grand orgue en 1884, puis l'orgue de chœur en 1885 et 1889. Les deux instruments sont classés Monuments historiques depuis 1999, et la Métropole continue d'y programmer des concerts.
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